Okulumuz 1991-1992 Yılında 5 Sınıf ve 1 İdare Odası ile Çatalhüyük İlkokulu olarak açılmış,1998 yılında 2. Kat ilavesi yapılmış olup 1998-1999 Öğretim yılına Çatalhüyük İlköğretim okulu olarak devam edilmiştir. 2001 - 2002 Eğitim Öğretim yılında okulumuzun adı Çatalhüyük Munise Lütfi Onat İlköğretim Okulu olarak değişmiştir. 2006- 2007 yılında Dünya bankası işbirliğinde 8 (sekiz ) derslikli ek bina yapılmıştır. Ayrıca;2010-2011 öğretim yılında 4 derslikli bir anasınıfı açılmıştır.2012-2013 Eğitim öğretim yılında 4+4+4 eğitim sisteminde okulumuz hem ilkokul hem de ortaokul olmuştur. 2013-2014 eğitim öğretim yılından itibaren okulumuz Çatalhüyük Munise Lütfi Onat İlkokulu olarak eğitim öğretim faaliyetlerine devam etmektedir.